Одна из частых проблем произведений, выпускающихся продолжительное время и в большом объеме - это дыры в сюжете и рояли в кустах.
Автор решил что-то добавить в сюжет, ввести персонажа, устроить неожиданный поворот или у него просто поменялась идея, но при этом он упустил что-то из того, что уже написал или же забыл про банальную логику, мотивы, причины... Как итог - дыры, несостыковки и непонятно откуда появляющиеся персонажи, места и события.
Не обошло это и Наруто, который изобилуют подобными явлениями (и это не говоря про некоторые моменты из аниме и особенности национального перевода). Не буду перечислять мелкие несостыковки (вроде наличия телевидения, видеосвязи и компьютеров, но при этом важные сообщения посылают птичьей почтой или когда возникла проблема при мгновенном перемещении каге на поле боя, при том что до этого с этим проблем не было), а только важные, касающиеся самого сюжета и его поворотов.
(В качестве примера не приводятся филлеры и полнометражки)1. Экзамен на чунинаСама идея подобного экзамена была слизана с HunterXHunter (собственно, как и многое другое, поскольку Кисимото вдохновлялся этой мангой при создании Наруто). Если изначально подобный экзамен выглядел вполне уместно, то с развитием сюжета все больше и больше понимаешь, насколько сама форма его проведения не соответствует реалиям мира шиноби, особенно на фоне поздних глав. Идея и обоснование экзамена не вызывают вопросов (снижение напряжения между деревнями и альтернатива войнам), но в итоге он окончился нападением на Коноху, а что тогда мешает опытным шиноби выступить под видом генинов и на этапе выживания вырезать всех новичков? Заложить на полигоне взрывчатку или использовать техники массового уничтожения? С учетом того, что протащить на подобный экзамен можно всё что угодно, то устроить локальный армагеддец не составит труда.
2. Куда пропал клан Сенджу? Самая очевидная дыра в сюжете, которая вообще никак не была пояснена. Клан, который был не менее многочисленным и сильным, чем Учихи, просто куда-то пропал в период второй мировой войны шиноби. Нет ни единого момента, вносящего ясность в то, что с ними случилось и почему клан исчез, просто ставят перед фактов, что их уже нет, хотя они являются ключевыми фигурами в сюжете. Остается лишь строить догадки и предположения на этот счёт.
3. Разница в максимальной силе персонажей в начале и конце повествованияЭто весьма распространенная болезнь сёнэнов. И речь идёт не о постепенном усилении главного героя или других персонажей, а о поднятии самой планки силы, в том числе за счет появления новых персонажей. Самый очевидный пример - Забуза Момочи. В самом начале он ничуть не уступает по силе Какаши и описывается как опасный и известный шиноби, владеющий множеством сильных и трудных техник, опытный боец и хладнокровный убийца, он был однозначно одним из сильнейших шиноби Тумана. Ну, и как бонус - Хаку, владелец редкого генома льда, юный гений, который ссаными тряпками обкидал Наруто и Саске, и только за счёт рейджа первого потерпел поражение.
А теперь перейдем в конец повествования. Большинство шиноби оказывается ничуть не хуже Забузы, шиноби уровня Хаку вообще как грязи. Чувствуете разницу?
Ещё есть момент с первым и вторым Хокаге - призыв во время экзамена на чунина и четвертой мировой войны шиноби. Тогда разницу в силе одних и тех же людей (уже мертвых и воскрешенных) в разные моменты времени объяснили тем, что в первом случае техника была несовершенна и они не пользовались всей своей мощью, но мы то знаем...
4. "Мальчик из чулана" Наруто - сын четвертого Хокаге, один из немногих живых потомков Узумаки, джинчурики Девятихвостого. И при этом, большинство жителей деревни его ненавидели, жил он один в общаге питаясь бичпакетами и был предоставлен сам себе без должного надзора без знания о вышеперечисленном.
Почему даже спустя столь долгое время люди продолжали столь рьяно ненавидеть ребёнка, который ничего им не сделал? А ведь всё это время он был ядерной бомбой, вокруг кнопки пуска которой прыгала стая обезьян. Стоит его довести до ручки - и огромная ебака вновь будет на свободе. Что вообще мешало скрыть информацию о том, кто является джинчурики? Нормально заботиться о нём и не оставлять одного? Что мешало избежать возможности стать кровожадным маньяком вроде Гаары?
Вся эта ситуация нелогична с самого начала, так что не вижу ни одной причины, кроме как желания автора, почему  у Наруто было такое детство.
5. Разница самой концепции манги в начале и конце повествования Собственно, манга о ниндзя с моралью касательно взаимоотношениях между людьми, любви и ненависти, смысле жизни и пути человека к своей мечте сквозь трудности и превозмогание скатилась до очередного DragonBall-а пафосного махача магов, роще с роялями и нарутотерапии.
И это куда хуже всех других минусов вместе взятых - потерялась сама И Д Е Я. То, что зацепило в самом начале, оставило лишь послевкусие и упёртое желание просто дождаться развязки этого фарса. Для осознания этой разницы просто почитайте первые и последние два тома.
6. Нарутотерапия"Суть нарутотерапии заключается в следующем: герой начинает рассказывать врагу внушительные лекции о том, что в мире должны царить добро и любовь и что драться больше не надо, подкрепляя это развернутой аргументацией. После чего, вопреки всякой логике, враг этим проникается и вскоре из харизматичного злодея превращается в доброе и пушистое унылое говно." (с) Lurkmore